A resposta é: Sim.
No entanto, vale destacar que o MEI pode ter APENAS 01 (um) empregado registrado no regime CLT.
Por outro lado, também pode contratar vários profissionais autônomos ou até mesmo outro MEI, através de contrato de prestação de serviços.
O importante é que o referido contrato de prestação de serviços seja bem elaborado, respeitando os critérios para que o profissional autônomo não seja equiparado a um empregado celetista (CLT).
Sendo assim, nessa última modalidade de contratação não deve haver relação de subordinação. Isso é, o prestador de serviços deve ter total liberdade para executar os serviços, nos horários decididos por ele próprio, e sem exclusividade.
Lembrando que, o ideal é que seja feita uma consultoria jurídica, para que um bom contrato seja elaborado.